Phim Shy (Phần 2) kể về sự trưởng thành của Shy sau khi cô tham gia vào cuộc chiến chống lại tổ chức đối lập Amalareik, dưới sự lãnh đạo của Stigma, một cậu bé bí ẩn. Sau khi quay trở lại Nhật Bản, Shy tình cờ gặp gỡ Ai Tennouji, người đã bỏ trốn từ ngôi làng ninja của mình. Ai tiết lộ với Shy rằng cô đang theo đuổi một thành viên của Amalareik, khám phá thêm về mối liên kết giữa tổ chức này và sự biến mất bí ẩn ở Tokyo. [Xem thêm]